隨著社會經濟的發展和人們認識的深入，各地自然要素和經濟社會發展都存在差異，必然要求環境治理差別化，以提高環境治理的高效性和針對性。環境分區治理就是按照環境要素空間分布特征，根據具體環境要素的主導功能的空間分布格局和經濟社會發展狀況，將治理目標劃分為具有多級結構的區域單元，對具體區域的自然特征、經濟社會發展狀況等進行有針對性的差別治理，促進區域環境綜合治理。
識別環境分區治理目標
各地的地理位置、資源環境狀況、氣候條件、經濟社會發展狀態等條件不同，由此產生的環境問題也不同。但是現有的環境管理體制是勻質型的，對區域性的環境特殊問題缺乏識別和針對性的回應。而環境分區治理的實質就是因地制宜，針對特殊問題采取針對性的環境治理。所以，分區治理的前提就是建立不同區域的環境目標識別機制，即根據不同區域的環境狀況、環境承載力、發展潛力、開發程度等，綜合考量區域內的自然資源、環境容量資源以及經濟社會資源，識別不同區域的環境功能和環境治理目標，為后續治理建立科學的基礎。
以武漢市為例，自2013年編制基本生態控制線規劃以來，實行環境分區管理。根據對生態環境保護要求嚴格程度的不同，采用“三線法”將武漢劃分為嚴格保護區（紅線區）、控制性保護利用區（黃線區）、引導開發建設區（綠線區）。根據武漢各地區生態環境要素、生態環境敏感性與生態服務功能空間分異規律，劃分為3類9個生態功能區。同時，突出武漢市的生態中心地位，建成“一軸、兩翼，九區、十八脈、三十六湖庫，生態節點、生態廊道、生態綠島的區域生態網絡框架”，構成一個如同人體般可自我修復、內在循環、和諧共存的有機生態安全體系。
確定環境分區治理內容
在科學識別環境治理目標后，就要合理確定治理內容。環境分區治理是綜合性的，在考慮環境問題的同時還要考慮經濟社會發展狀況，協調經濟發展、社會發展和環境保護之間的關系，促進區域協調發展。其性質應是促進發展的分區，不再是傳統的“環境保護與經濟發展相適應”的行政分區治理，而是“經濟發展要和環境保護相適應”的環境分區治理，即經濟發展的強度、規模、方式等都要和該區域的資源環境承載力、環境狀況等自然條件相吻合，摒棄不顧自然條件的“勻質競爭”的模式。
《國務院關于編制全國主體功能區規劃的意見》指出：“根據不同主體功能區的環境承載能力，提出分類管理的環境保護政策。優化開發區要實行更嚴格的污染物排放和環保標準，大幅度減少污染排放；重點開發區要保持環境承載能力，做到增產減污；限制開發區要堅持保護優先，確保生態功能的恢復和保育；禁止開發區要依法嚴格保護。”如武漢市依據城市總體規劃，將生態框架體系分為生態底線區和生態發展區，并分級保護，防止城市無序發展，守住城市生態安全的底線。山體、湖泊、飲用水源地等生態核心元素，都受永久保護，劃入生態底線區，受到最為嚴格的保護。
建立環境分區治理考核目標
要實現上述分區治理目標，必須建立有別于傳統模式的考核目標。環境分區治理是在確定區域主體發展功能的前提下針對區域具體環境狀況、經濟社會發展狀況做出具體的環境應對措施。這種分區是建立在生態資源與環境保護利益基礎之上的，能協調區域發展，由此帶來不同主體功能區的地方政府職能不同。發展不再是政府的唯一職能，而是按不同主體功能區的職責來考核政府政績，不再惟GDP是從。
這種考核一要體現綠色考核的理念，二要體現差別考核的理念。綠色考核就是將生態建設與環境保護績效納入政府考核體系，并成為“一票否決”的約束性條件。差別考核就是按照環境分區的不同定位考核地方政府。換言之，禁止開發區和限制開發區直接考核生態建設和環境保護。優化開發和重點開發區則通過調整產業結構、促進技術創新、提高資源利用率等方式促進生態建設和環境保護。政績考核的差異性對環境分區管理目標的實現具有激勵性和導向性。
協調環境分區治理利益沖突
隨著社會發展，區域環境利益越來越受到關注。所有的地區都有同等的發展權。優化開發區和重點開發區的主體功能偏向于經濟發展，限制開發區和禁止開發區偏向于生態發展，二者在未來的發展進程中的聯系越來越緊密。經濟與社會發展需要良好的生態環境和足夠的環境容量，而生態建設和環境保護需要有充沛的資金支持。發展經濟和保護生態這兩種功能對社會發展都是不可或缺的，沒有高下之分，但對各區域利益而言卻是大相徑庭。如果對此沖突不加協調，將會造成巨大的社會不公，最終帶來經濟發展和環境保護的雙重惡化。
環境分區治理必須明確環境收益的公平享有和環境成本的合理負擔，實現環境利益的公平分配，這既是應有的規范性關懷，也是制度的重要組成部分。主要承擔生態發展功能的區域的建設成本以及由此喪失的發展機會成本必須由國家和受益區域承擔或分擔，必須通過立法明確區域環境利益的存在，通過法律機制給予利益衡平和生態補償，并保障其實現，實現區域環境利益的確認、分配和保障，協調利益沖突，最終實現區域環境利益的增進。區域生態補償建立在利益衡平的基礎之上，方式因地制宜，有財政轉移支付、勞動力轉移補償、差別稅收、綠色融資、項目補償等。
實踐證明，環境分區治理體現了從傳統的要素治理轉變為區域治理，能優化配置區域內的自然資源、環境容量資源以及經濟社會資源，合理定位不同區域的功能和發展目標，提升治理效率，具有內在的合理性和制度的優越性，必將成為環境治理的新常態。
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